افروغ از باب غیرتی که نسبت به انقلاب و فرهنگ برآمده از آن دارد، به سراغ بهره‌گیری از اندیشه فقهی و منظومه‌ای حکمت صدرایی می‌رود تا نشان دهد که میان تلقی «کشف حقیقت» از علم و «کسب قدرت» از آن، فرسنگ‌ها فاصله است. البته روح ناآرام وی، او را به عبور از این دوگانه می‌کشاند. به نظر ایشان، یکی از مشکلات سیاست‌گذاری نهادهای علمی در جهان معاصر به دوگانه‌انگاری در مقابل نگرش منظومه‌ای برمی‌گردد؛ دوگانه‌هایی که علم تجربی را به اومانیسم رسانده و در دوقطبی‌هایی مانند علم و دین، حق و تکلیف، خدا و انسان، بود و نمود، نظریه و عمل و… دست و پا می‌زند.